Dentro de los objetivos marcados para los Centros de Referencia Nacionales, se incluye la participación en actividades internacionales y, especialmente, en programas e iniciativas comunitarias. En este sentido, el Centro de Referencia Nacional de Química de Cartagena siempre ha mostrado una clara vocación para tomar parte activa en acciones y proyectos transnacionales, si bien es a partir del año 2000, cuando el Centro decide adoptar un mayor compromiso en cuanto a su participación, incluyendo las acciones transnacionales como una actividad más del Centro. Este compromiso de cooperación internacional ha tenido continuidad en el Centro desde ese momento.
De entre las distintas modalidades de acciones comunitarias, el Centro de Cartagena se ha centrado en dos de ellas, cuyos objetivos, elaboración y desarrollo difieren claramente.
La primera de ellas es la que se conoce como proyectos de movilidad, consistente en el envío de un grupo de alumnos que hayan finalizado alguna acción formativa en el Centro, para realizar prácticas profesionales no laborales en las instalaciones de una empresa ubicada en otro país de la Unión Europea. Con este tipo de acciones, se persigue que los alumnos participantes, desempleados y mayoritariamente con poca o ninguna experiencia laboral, puedan mejorar sus competencias, profesionales, lingüísticas y personales, gracias a la dimensión europea que estas prácticas tienen, y facilitando en definitiva, sus posibilidades de incorporación al mercado laboral.
La segunda, y que reviste una mayor complejidad en cuanto a diseño, organización y desarrollo, es la de proyectos piloto o de innovación, que consiste en el desarrollo de herramientas, procedimientos o recursos destinados a la mejora de la formación profesional en el ámbito europeo, ya sea mediante proyectos dirigidos a parcelas o sectores específicos o a otros de carácter transversal.